隐患之一，养殖风险难以把握。近年来，生猪行业无论养殖规模还是技术水平，都有了极大的发展，技术人才的数量也在逐渐增加。但在养猪行业6000万从业者中，绝大部分依然是基层农户以及10头～100头基础母猪的养殖户，中小型养殖场资金有限、技术水平有限，缺乏准确、权威的信息引导，只能凭借经验判断来组织生产，行情高涨时常常跟风补栏，行情回落时又缺乏抵御风险的能力，造成生猪价格大起大落。
隐患之二，养殖成本逐渐升高。2015年玉米、豆粕等饲料原料价格回落，使得养殖成本大幅降低，从业人员赢得了更大的利润空间。但随着农业部相关政策的颁布推行，将来主要原料的价格将更多地由市场决定，使得饲料成本有了更多的不确定性。
降至历史低点的能繁母猪存栏量为2016年的仔猪价格埋下了隐患，缺乏自繁自养能力的猪场外购仔猪成本将大幅增加。此外，高学历、高水平技术人才的流失作为生猪行业的痼疾，也需要得到真正的改善。而人才作为21世纪最昂贵的企业投入，预计也会在未来给养殖企业带来一定压力。
隐患之三，进口猪肉冲击。2015年中国进口猪肉量大幅增加，一方面是因为国内供不应求，各地进口猪肉以满足市场需求，一方面是因为国外猪肉相对低廉的价格拉动了进口力度。而在2016年，洋猪肉的冲击将只增不减。
根据国家质检总局的公告，中国已恢复发放从28家加拿大和美国的肉类加工厂以及冷藏仓库在2015年10月16日之后生产的猪肉进口许可。我国进口肉类口岸已增加至45个，进口过程便利、运输成本低廉。俄罗斯、瑞典、英国、芬兰等多国先后向我国出口或宣布准备出口猪肉。在此背景下，进口猪肉量预计还将创下新高，国内企业也应及早防范。
